Ab der Jahrhundertwende begann an der Wiener Hofoper eine tiefgreifende Umgestaltung und Verjüngung des Ensembles. Mahlers Tätigkeit als Dirigent ging, im Vergleich mit den Anfangsjahren, zurück, trotzdem wurden in den Saisonen 1900/01 bis 1903/04 noch immer rund 180 Vorstellungen von ihm selbst geleitet.
Unter den Neuinszenierungen dieser Jahre ist Wagners Tristan und Isolde (21. Februar 1903, Tristan: Erik Schmedes, Isolde: Anna von Mildenburg) hervorzuheben, die erste Zusammenarbeit Mahlers mit dem Maler und Mitbegründer der Wiener Secession, Alfred Roller, der bald darauf Leiter des Ausstattungswesens der Hofoper wurde. Nach Tristan und Isolde folgte der Zusammenarbeit Mahlers mit Roller u. a. 1904 Fidelio, 1905 Das Rheingold und Don Giovanni und zuletzt 1907 Iphigenie in Aulis. Mit Roller an seiner Seite ging Mahler daran, szenische Umsetzung, Ausstattung und Bühnenbild zu reformieren, was ihm begeisterte Anhänger_innenschaft, aber auch vermehrt Kritik bescherte.
Rheingold
Hoffmanns Erzählungen
Unter den Neuengagements dieser Jahre waren es Marie Gutheil-Schoder und vor allem Leo Slezak, deren Wirken noch weit über die Direktionszeit Mahlers hinaus reichte.
„Sein ‚Rezept‘ für die Arbeit, wenn man von einem solchen sprechen darf, war sehr einfach: Werk und Künstler wurden nicht durch eine dominierende ‚Auffassung‘ von vornherein vergewaltigt, er verschloß keine Möglichkeit individueller Entfaltung durch eigenes Vorurteil. Seine bezwingende Autorität, begründet nicht in kindischer Tyrannenmacht, sondern in persönlicher, wiederum durch bedingungslose Hingabe an das Werk genährter Suggestivkraft, konnte ohne Gefahr einer Erschütterung darauf verzichten, sein Wort zum alleinseligmachenden Dogma zu erheben; häufig greift er dankbar unbedeutend scheinende Anregungen auf, die unter seinen Händen zu blühen beginnen und in ihrer Zusammenfassung eine unerhörte Farbigkeit des Eindrucks bewirken. Diese Achtung Mahlers vor der Individualität des einzelnen Künstlers war fast unbegrenzt; sie ist der Schlüssel zu all den Ungewöhnlichkeiten, die ihm die entrüstete Schar der orthodoxen Traditionsgläubigen zum Vorwurf machte.“ (Marie Gutheil-Schoder, 1921)
Die Zauberflöte
La Bohème
Lohengrin
Aida
Die Meistersinger von Nürnberg
Die Hugenotten
Wilhelm Tell
Hoffmanns Erzählungen
Die lustigen Weiber von Windsor
Aida
Tannhäuser
Die Walküre
Der Waffenschmied
Mignon
Lohengrin
Die Walküre
Die Hochzeit des Figaro
Carmen